그러나 이날 회의에서는 쇠고기, 감귤 등 농업 분야 피해에 대한 우려가 표명됐으며, 특히 노무현 대통령의 지난 3일 대국민담화에서 쇠고기 부분을 합리적 수준으로 개방하겠다는 발언은 최대 화두였다.
이날 회의에서 한나라당 김광원 의원은 “쇠고기 문제에 대해 ‘전수조사’로 버틴 농림부의 유일한 카드를, 노무현 대통령이 나서서 없애버렸다”면서 “우리는 한미 FTA에 대한 사전 준비없이 협상에 임했다가, 당하게 된 것”이라고 비판했다.
민주노동당 강기갑 의원은 “노 대통령의 발언에 대해 미국에서는 국제수역사무국 판정이후 쇠고기를 수입하겠다는 약속으로 받아드리고 있다”며 “대통령은 뼈있는 쇠고기 수입 약속을 한 게 아니라는 것을 발표했어야 했다”고 목소리를 높였다.
열린우리당 김우남 의원은 “오렌지 계절관세에 감귤생산 비수기인 9월과 10월이 포함된 이유가 무엇이냐”면서 “수입쿼터(TRQ)를 매년 3%씩 증량하게 돼 있는데, 복리로 계산되는 것 아니냐”고 따져 물었다.
이에 대해 박 장관은 “모든 TRQ 물량 증량은 복리로 계산된다”면서 “3%선에서의 증량은 크게 부담이 되지 않는다고 판단했다”고 답했다.
박 장관은 노 대통령의 발언과 관련해선 “절차를 합리적으로 진행한다는 것은 늘 쓰는 말이 아니냐”고 해명했다.