pH는 용액중의 유리 상태로 있는 수소이온 농도 역수에 대한 대수치로 용액 중 수소이온 농도를 표시하는 지수일 뿐 농도 그 자체는 아니다. 대부분의 용수에 대한 기준치 pH 6.0～8.5는 10-6.0 - 10-8.5g/L로 실제량은 극히 적은 양이다. 그럼에도 불구하고 이에 대한 깊은 관심을 갖는 이유는 수소이온은 그 자체가 작물이 필요로 하거나 작물에게 유해한 다른 물질들의 용해도에 결정적인 영향을 미치기 때문이다.
자연적인 pH의 변화는 농업용수 수질에 큰 문제가 되지 않지만 폐산, 폐알칼리에 의해 오염된 경우에는 큰 문제가 된다. 산성 또는 알칼리성의 정도에 따라 양분의 유효도에 큰 영향을 미치며, 작물의 양분흡수를 저해한다.
이러한 용수의 pH는 하수나 공장폐수 등의 유입이나, 수맥의 변화 등으로 발전하기 때문에 수질변화를 알아보는 중요한 항목이 된다. 대체로 산성의 물은 식물 유체를 분해과정에서 생기는 부식산, 초산, 글리콜산, 수산 등에 의해 형성되며, 알칼리성은 해수, 염기성 광천, 석회 지역의 물 혼입되거나 상수의 알칼리 처리, 시멘트 배관 등 인위적인 영향에 의해 생성된다.
산성이 강할 경우에는 뿌리의 발육이 나쁘고 獅子尾狀(사자미상)의 뿌리가 발생하며, 토양에서 염기의 용탈이 일어나 노후화된다. 또한 토양중 각종 중금속의 용해도 증가로 이한 유독작용이 발생한다. 알칼리성이 강할 경우에는 철 결핍에 의한 황화현상을 일으킨다.