농업용수 중 질소(특히 암모니아성 질소) 농도가 높으면 영양생장기에 과번무하여 병충해를 받기 쉽고, 생식생장기에 다량의 질소를 함유하면 하부도관이 신장하여 도복현상이 발생하거나 등숙불량을 일으킬 수 있다. 벼에 대한 질소의 과잉해는 과번무, 도복, 병충해 다발, 등숙불량, 왕겨 크기의 축소, 미질의 악화 등이 있다.
○ Cl- (염소이온)
염소이온은 미량원소로서 식물생육에 필요하나 과다한 양이 관개용수에 함유될 경우에는 식물체의 광합성률 감소, 탄수화물의 이동 저해, 호흡 및 수분흡수를 저해하는 등의 장해를 일으킨다. 염소이온은 불활성으로 형태의 변화가 없고, 독성이 없으며 토양과도 흡착을 하지 않는다. 관개수 내의 염소는 토양에 흡착되거나 고정되지 않아서 토양수분에 의해 빠르게 이동하고 이후 작물에 흡수되어 잎에 축적된다. 잎에서 염소농도가 한계치를 초과하면 잎이 변색되거나 잎 표면이 마르는 것과 같은 장애증상이 생긴다.
지하수법에서 규정하고 있는 농업용수로서 이용되고 있는 지하수의 수질기준은 Cl-의 경우 250mg/L 이하로 규정하고 있다.
○ SO42- (황산이온)
수중의 SO42-는 황산염 중의 이온화된 황산성분을 말한다. 주로 지하수의 경우 지질광물에서 유래되나, 하천수의 경우에는 하수나 폐수의 오염에 유래되기도 한다. 이러한 황산염은 환원상태에서 난용성 ZnS를 형성하여 식물체의 미량원소인 아연결핍을 초래하며, Ca2+ 흡수저해와 Na+ 흡수촉진 및 엽록체의 광인산화 반응을 저해하는데 관개수중 유의성 있는 감수농도는 54.9mg/L로 보고 되어 있다.