유전자 발현정보를 이용한 유용 유전자의 탐색과 기능 연구 증대를 위하여 유전자 칩 분석을 통한 대량의 유용 프로모터 후보군을 확보하고, 다양한 발현정보 데이터베이스 구축을 위하여 애기장대/벼 발현정보 및 관련 프로모터 데이터베이스를 구축하였다. 또한 in silico 분석을 통하여 유용 프로모터를 발굴 하고 프로모터 motif 분석 결과를 이용하여 향후 프로모터 탐색 및 전사인자 분석 모듈개발을 위한 자료를 제공하고자 하였다.
실험에 사용된 재료는 애기장대(Arabidopsis thaliana)의 27K 유전자 chip을 사용하였으며 분석실험처리는 꽃, 잎, 뿌리에서 3개 조합으로 3반복을 실시하였다. 조직특이발현유전자 탐색을 위한 Microarray(벼, 22K, 올리고칩) 실험에서는 조직특이 발현유전자에 대하여 3처리(출수, 출수 12일후, 수확후), 3반복 실험을 실시하였다. 마이크로어레이 분석 결과의 자료 정규화를 위하여 통계팩키지(SAS version 9.1, R-package)를 사용하였으며 처리 조합은 Flower/Root, Leaf/Flower, Leaf/Root를 각각 3반복 (1반복 Dye-swap)하였다.
유전자 칩의 분석결과에서 다변량 분석을 통한 추정 모형 변수중에 유의성을 갖고 있어 실제 분석에 이용할 수 있는 유효 데이터를 분석팩키지(SAM)로 1그룹(1-CLASS)과 2그룹(2-CLASS)의 분류 (조직별 cy3/cy5)한 결과는 표 1과 같았다.
또한 발현율 변이(Fold-change)에서 발현이 16배 이상 증가한 조직별 유전자와 표 1의 분류 결과를 비교하여 조직특이 및 비특이 유전자를 구분하고 2개 이상 조직에서 발현하는 비특이 유전자를 검색하고 추출하였다. 이러한 결과 비교를 통하여 꽃, 잎, 뿌리에서 각각 115, 212, 159개 유전자를 선발하였다.
유전자 칩 실험에서 각 유전자의 발현(Intensity)값이 20,000～55,705 및 55,705～66,535 사이에 있는 유전자를 추출하고 형광색소 교환(Dye-swap)결과를 포함한 3반복의 실험에서 공통적으로 발현이 높은 유전자를 선발하였다. 선발된 유전자중에서 꽃, 잎, 뿌리 각각에서 6개의 발현유전자 그룹(F/L, L/F, L/R 3개 조합)으로 분리하여 각각의 공통 유전자를 분리하고 조직간 공통 유전자를 비교하여 비특이 유전자를 추출하였다. 그 결과 표 3과 같이 비특이 유전자를 제외한 꽃, 잎, 뿌리에서 각각 157/233/30, 10/39/42개의 유전자를 선발하였다.
작성일:2009-11-10 09:43:59 152.99.82.30