PCR primer를 이용한 Erwinia carotovora subsp. atroseptica 특이검출
Erwinia carotovora subsp. atroseptica를 검출하기 위한 특이 프라이머 세트의 제작을 위해 National Center for Biotechnology Information (NCBI)의 GenBank(www.ncbi.nlm.nih.gov/)에 등록된 (등록번호 : BX950851) Erwinia carotovora subsp. atroseptica 유전체 정보 중 rhs 유전자 서열정보(GI: 5012234)를 blastn 프로그램을 통해 다양성을 확인하고 프라이머를 제작하였다. PCR 증폭 반응은 반응은 94℃에서 5분간 변성하고 94℃ 60초, 62℃ 30초, 72℃ 60초로 25회 반복시킨 후 72℃에서 7분간 반응하였다. 증폭반응 후 8㎕의 PCR 증폭산물을 1%농도의 아가로스젤에 전기영동한 후 에티디움 브로마이드에 착색시켜 자외선 조사기(UV transilluminator)에서 확인하였다.
그림 7에서 보는 바와 같이, 감자흑각병원균주에서만 904bp 크기의 핵산 단편이 특이적으로 증폭된 것을 확인할 수 있었다. 따라서, PEAF 프라이머 또는 PEAR 프라이머는 감자 흑각병원균의 특이 DNA 단편만을 증폭시킬 수 있으므로, 흑각병원균의 감염여부 진단을 위한 PCR프라이머로 이용이 가능하다는 것을 알 수 있다.
감자 흑각병원균 및 이 미생물과 계통학적, 생화학적으로 유사성이 있는 것으로 인정되는 같은 속(Erwinia 또는 Pectobacterium) 및 다른 속의 여러 미생물에서 rhs유전자 존재여부를 DNA 도트 블롯을 통하여 확인하였다. 즉, DNA 드트 블롯은 특이 서열 추정 부분이 본 발명에서 사용된 다른 미생물에도 존재하는지를 확인하기 위해 수행되었다. 그 결과 그림 8에서 보는 바와 같이, 감자흑각병원균의 총 DNA에서만 특이적으로 PCR 프로브가 결합하는 양상이 확인되었다.
작성일:2009-11-10 09:46:42 152.99.82.30