바이오디젤이 자동차 연료로 사용됨에 있어 바이오디젤의 품질에 따라 자동차 엔진성능 저하 및 관련 부품 손상 가능성이 제기되어 오고 있다. 실제로 바이오디젤을 연료로 사용한 자동차의 운행에 문제가 발생할 경우, 자동차 제작 회사와 바이오디젤 생산 회사 간의 분쟁 발생 가능성이 크다. 이러한 문제를 해결하기 위해서는 바이오디젤의 국제적 규격이 요구된다. 20여 년 전부터 유럽(특히, 독일중심)에서는 유채기름을 이용한 바이오디젤의 상용화가 이루어져 왔으며, 바이오디젤 연료의 용도와 바이오디젤 함유량에 따라 연료유 규격이 마련되어 오고 있다.
식물성 기름은 지방산 메틸에스테르 또는 바이오디젤의 원료가 되며, 연료의 품질은 지방산 조성에 의해 결정된다. 바이오디젤 연료로 이상적인 지방산 조성은 포화도도 낮고, 불포화도도 낮아야 한다. 다시 말하면 이를 만족하기 위해서는 이중결합이 한 개 있는 단일불포화지방산(Monounsaturated fatty acids)이 많아야 한다.
식물성 기름내에 포화지방산이 높으면 cloud point 또는 cold filter plugging point(CFPP) 에 의해 측정되는 융점(Melting point)이 높은 경향을 나타낸다. 포화지방산이 많은 기름은 유동이 낮은 특성이 있어 낮은 온도에서는 고체(예: 팜유)화가 되기도 하나, 열대 기후에서는 연료로 사용하기에 적합하다. 다가불포화지방산(요오드지수로 불포화도 반영)을 많이 함유한 기름은 산화성이 높아 중합반응이 일어난다. 이러한 특성이 있는 연료는 기름통 내 두꺼운 침전물을 만들고, 이로 인하여 실린더 옆으로 기름이 새어서 내연 기관의 크랭크실(Crankcase)안으로 들어가는 현상이 발생한다.
원료인 식물성 기름의 품질은 생산되는 바이오디젤의 최종 생산물의 품질을 결정짓는 큰 영향을 미친다. 바이오디젤의 성공을 결정짓는 중요한 요인은 엔진 제조회사들의 승인에 있었다. 엔진 제조회사들은 바이오디젤의 연료로의 보증을 위해 바이오디젤 표준 규격을 요구해왔다. 바이오디젤 규격은 유럽의 CEN(European Committee for Standardization)에 의해 용도에 따라 자동차용과 난방용으로 구분하고, 바이오디젤이 96% 이상 연료로 사용되는 전용차량과 5% 미만을 연료로 사용하는 일반차량으로 구분하여 마련되어졌다 (http://en.wikipedia.org/wiki/EN_14214). 유럽에서는 바이오디젤 규격을 유채메틸에스테르(RME)에 맞게 조정하였다. 해바라기유와 대두유 메틸에스테르는 불포화도가 너무 높아 이 규격을 만족할 수 없어 바이오디젤 원료 기름으로는 부적합하다.